W roku 2019/2020 zostanie poddanych ocenie programowej Polskiej Komisji Akredytacyjnej osiem programów realizowanych na Uniwersytecie Jagiellońskim.
- geografia – Wydział Geografii i Geologii (d.Wydział Biologii i Nauk o Ziemi) – I kwartał 2020 - odstąpienie od oceny
- geologia – Wydział Geografii i Geologii (d. Wydział Biologii i Nauk o Ziemi) – I kwartał 2020
- astronomia – Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej – I kwartał 2020
- biofizyka – Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej – I kwartał 2020
- fizyka – Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej – I kwartał 2020
- informatyka – Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej – I kwartał 2020 – odstąpienie od oceny
- biologia – Wydział Biologii – II kwartał 2020
- zdrowie publiczne – Wydział Nauk o Zdrowiu – IV kwartał 2019
Uchwałą nr 89/2022 Prezydium Polskiej Komisji Akredytacyjnej z dnia 10 lutego 2022 r. Certyfikat Doskonałości Kształcenia w kategorii: Doskonały kierunek – doskonałość w kształceniu uzyskał kierunek: fizyka na Uniwersytecie Jagiellońskim w Krakowie – studia pierwszego i drugiego stopnia o profilu ogólnoakademickim.